资金流量核算矩阵帐户的主要平衡关系有：
1）.储蓄、资本形成与金融资产、负债的平衡。用公式可表述为：总储蓄-资本形成总额+统计误差=形成的金融资产总额-形成的负债总额=净金融投资
2）.金融资产和负债的平衡，即核算期内全社会通过某种金融工具形成的资产数量等于通过该类工具形成的负债数量。
3）.机构部门间及整体与国外之间的平衡，即核算期内各个机构部门及国外相互间通过金融交易所发生的资产数量等于所发生的负债数量。