影响电泳的主要因素：带电粒子迁移率、电解质溶液的组成、外加电位梯度、电泳时间等。在电解质溶液中，位于电场中的带电离子在电场力的作用下，以不同的速度向其所带电荷相反的电极方向迁移的现象。分离的依据：不同带电粒子迁移率的差别.
蛋白质是两性电解质，当PH>pI时带负电荷，在电场作用下向正极移动：PH>PI时带正电荷，在电场作用下向负极移动：PH=PI时净电荷为零，在电场作用下既不向正极移动也不向负极移动，此时的PH值即是该蛋白的PI值。
各种蛋白质中由不同种类的氨基酸一不同的比例组成，因而有不同的等电点，这是其固有的理化常数。蛋白质在电场中汰动一段时间后，便会集中到确定的位置上呈一条致密区带。若样品为混合的蛋白质溶液时，由于不同蛋白质的等电点和分子量是不同的，因此经电泳后，就形成了泳动度不同的区带。利用此性质，便可把混合液中不同的蛋白质（或其它物质）分离开，也可用其对样品的纯度进行鉴定。