（1）研究对象复杂，工作难度大。农业系统工程的发展具有很大的随意性，想通过数学建模或系统模拟等方法来精确刻划系统的运动过程是不可能的。
（2）信息不全、不实。在实际工作中，常常遇到统计数据不全、不实的问题。
（3）实施难度大。根本原因在于农业系统十分复杂，有很多不可预知的随机因素和不可控因素，都会对系统产生强烈的干扰，使系统偏离最佳方案轨迹。
（4）实施效益的检验难度大。

由相互作用和相互依赖的若干组成部分结合成的具有某种特定功能的有机整体，而且这个系统本身又是它所从属的更大系统的组成部分。