内在蛋白是以不同深度镶嵌在脂质双分子层中，有些还横跨全膜-跨膜蛋白。特点：内在蛋白与膜结合牢固，只有用剧烈条件：如表面活性剂或有机溶剂破坏膜结构时，才能从膜上分离。但分离后常失去正常构型。去掉有机溶剂或表面活性剂时，内在蛋白能再聚合为水不溶性或与脂类形成膜结构。大多数内在蛋白不溶于水，其疏水区域与脂双层中脂类分子疏水尾部相互作用，亲水区域暴露在膜一侧或两侧表面。内在蛋白主要靠疏水力与膜脂紧密结合。
外在蛋白又称外周蛋白，是与内在蛋白相对的，是指不直接与脂双层疏水部分相互连接，它们常常通过离子键、H键与脂质分子或膜表面的蛋白质分子相结合。特点：外周蛋白与膜结合比较疏松，用温和方法在不破坏膜结构情况下可将其分离（如：增加pH，或离子强度）.有些膜蛋白完全位于胞液中，仅仅以一个或几个共价连接的脂肪酸链或异戊烯集团与脂双层结合。也有的膜蛋白通过一个共价连接的寡糖链与脂双层结合。与膜脂作用的方式：它们常常通过离子键、H键与脂质分子或膜表面的蛋白质分子相结合。

1.热力学因素
2.动力学因素

化学结构：一级结构、二硫键的连接方式和辅基的结合方式空间结构：二级结构、超二级结构、结构域、三级结构、四级结构