含汞废水主要来源于有色金属冶炼厂、化工厂、农药厂、造纸厂、染料厂及热工仪器仪表厂等。从废水中去除无机汞的方法有硫化物沉淀法、化学凝聚法、活性炭吸附法、金属还原法、离子交换法和微生物法等。一般偏碱性含汞废水通常采用化学凝聚法或硫化物沉淀法处理。偏酸性的含汞废水可用金属还原法处理。低浓度的含汞废水可用活性炭吸附法、化学凝聚法或活性污泥法处理。有机汞废水较难处理，通常先将有机汞氧化为无机汞，而后进行处理。
各种汞化合物的毒性差别很大。元素汞基本无毒；无机汞中的升汞是剧毒物质；有机汞中的苯基汞分解较快毒性不大；甲基汞进入人体很容易被吸收，不易降解，排泄很慢，特别是容易在脑中积累。毒性最大，如水俣病就是由甲基汞中毒造成的。

碱性废水常用的中和方法有，酸碱废水相互中和，加酸中和或烟道气中和等。其方法选择的优缺点见如下表：

常用方法有酸碱废水相互中和，投药中和和过滤中和法等。其选择方法见如下表：