（1）在标签、说明书和广告宣传上夸大宣传保健功能
虽然所有的合法保健食品的产品说明书都经过卫生部审批，但少数企业为了吸引消费者，经常有在标签、说明书和广告宣传上擅自夸大功能宣传的问题。这些夸大宣传主要有以下形式：一是非法宣传其保健食品具有疗效，误导消费者；二是超过该产品所审批的功能范围夸大宣传。
（2）擅自更改经过批准的产品配方问题
部分保健食品生产企业为了增强产品的功效或降低产品成本，不按卫生部批准的产品配方组织生产，更改原配方原料的品种、比例，甚至在产品中加入药物以增强功效作用。
（3）生产工艺落后、管理水平不高、产品质量得不到保证。
少数保健食品生产企业生产条件落后，又缺乏有效的管理手段，使生产的产品卫生指标或质量达不到要求。
（4）市场存在未经批准而非法宣传保健功能的食品和假冒批准文号的非法保健食品。
对这类产品可以统称为假冒保健食品。制售假冒保健食品的行为违反了《食品卫生法》，是应当坚决制止的。

转基因生物的安全问题主要涉及两个方面：①对生态环境的安全；②转基因食品对人体和动物的食用安全性。

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