沼气菌在8℃~70℃范围内都能进行发酵。一般根据发酵温度分为高温发酵（52℃~58℃）、中温发酵（32℃~38℃）、常温发酵（12℃~30℃）。其中高温发酵的有机物分解快、产气也最快，但需要消耗大量的能源来提高沼气池温度。采用常温发酵，产气很慢，不能满足用户的需要。因此采用15℃~25℃的常温发酵是经济实用的。