其主要原因有：
①根系环境内氧气缺乏，二氧化碳积累，呼吸作用受到抑制，影响根系吸水。
②长期在缺氧气条件下根进行无氧呼吸，产生并积累较多的乙醇，使根系中毒受伤。
③土壤处于还原状态，加之土壤微生物的活动，产生一些有毒物质，造成“黑根”或“烂根”。
农业生产中的中耕耘田、排水晒田等措施是为了增加土壤的透气性。