1.原核细胞型微生物：仅仅只有原始的核质，无核膜、核仁，缺乏完整的细菌器，只有核糖体，DNA和RNA同时存在。它包括细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体。
2.真核细胞型微生物：细胞核的分化程度高，有核膜和核仁，胞质内细胞器完整。如真菌属于此类。
3.非细胞型微生物：是最小的一类微生物，结构简单，只有一种核酸（DNA或RNA.存在。缺乏完整的酶系统，必须要在活细胞内增殖。如病毒属于此类。