程序性细胞死亡又称为细胞凋亡（apoptosis），是指为维持内环境稳定，由基因控制的细胞自主的有序性的死亡，它涉及一系列基因的激活、表达以及调控等的作用，因而是具有生理性和选择性的。
Apoptosis的概念来自于希腊语，原意是指树叶或花的自然凋落，而细胞发生程序性死亡时，就像树叶或花的自然凋落一样，凋亡的细胞散在于正常组织细胞中，无炎症反应，不遗留瘢痕。死亡的细胞碎片很快被巨噬细胞或邻近细胞清除，不影响其他细胞的正常功能细胞程序死亡与细胞坏死是两种完全不同的过程和生物学现象，在形态学、生化代谢改变、分子机制、细胞的结局和意义等方面都有本质的区别。
编程死亡与细胞坏死有三个根本的区别，首先是引起死亡的原因不同：如物理性或化学性的损害因子及缺氧与营养不良等均导致细胞坏死，而编程性细胞死亡则是由基因控制的；第二是死亡的过程不同，坏死细胞的胞膜通透性增高，致使细胞肿胀，细胞器变形或肿大，早期核无明显形态学变化，最后细胞破裂。而编程死亡的细胞不会膨胀、破裂，而是收缩并被割裂成膜性小泡后被吞噬；第三是坏死的细胞裂解要释放出内含物，并常引起炎症反应；在愈合过程中常伴随组织器官的纤维化，形成瘢痕。而编程死亡的细胞没有被完全裂解，所以不会引起炎症。