正常菌群的成员组成和数量发生明显变化称为菌群失调，若进一步发展引起一系列临床症状和体征，就称之为菌群失调症。其发生机制包括：
(1)长期使用抗生素特别是长期使用广谱抗生素，在抑制致病菌的同时也抑制了正常菌群中的敏感菌，使耐药菌过度增殖，出现菌群失调。进而引起菌群失调症。
(2)机体免疫力低下或内分泌失调恶性肿瘤、长期糖尿病等使全身或局部免疫功能低下，导致正常菌群中某些菌过度生长，形成菌群失调。严重的会出现一系列临床症状和体征，导致菌群失调症。