内源性感染即是指由人体菌群成员引起的感染，主要由需氧或兼性厌氧菌等条件致病菌引起，这些细菌绝大多数对健康个体并无致病性。但当机体抵抗力低下，生理机能异常状态，或是细菌寄居的部位发生改变时，这些致病性弱、对正常机体无致病性的细菌可成为病原菌，比如各种重症患者，接受化疗的肿瘤患者、脏器功能衰竭的患者、接受各种插管或其他侵入性诊疗操作的患者等。其中条件致病菌在人体内的异常定植与增殖是引起内源性感染的关键环节，引起的因素主要有机体生理机能紊乱导致对菌群的清除速率降低，使用抗生素破坏了正常菌群及其定植抗力，导致耐药的条件致病菌或真菌等大量增殖等。

细菌的合成代谢产物有：热原质、毒素与侵袭性酶、色素、抗生素、细菌素、维生素。