特别行政区的行政机关与立法机关之间是一种互相配合、互相制衡的关系。具体表现在：
（1）行政长官和立法会的关系。一方面，行政长官对立法会有制衡作用，如立法会通过的法案必须经行政长官签署、公布方能生效等；另一方面，立法会对行政长官也有制衡作用，如在某些情况下立法会可以迫使行政长官辞职等。
（2）行政机关和立法机关的关系。特别行政区政府对立法会负责，执行立法会通过并已生效的法律；定期向立法会做施政报告；答复立法会议员的质询；征税和公共开支须经立法会批准。
（3）行政与立法的互相配合。主要表现在香港特别行政区的行政会议和澳门特别行政区的行政会议成员，由行政长官从行政机关的主要官员、立法会议员和社会人士中委任；行政长官在做出重要决策、向立法会提交法案、制定附属立法（或行政法规）和解散立法会之前，须征询行政会议的意见；行政长官如不采纳行政会议多数成员的意见，应将具体理由记录在案。