1、产生灭活抗菌药物的酶，如B-内酰胺酶，钝化酶，使抗菌药物在与细菌作用之前即被酶破坏而失去抗菌作用。
2、抗菌药物作用靶位改变：改变靶蛋白，降低与抗生素的亲和力，使抗生素不能与其结合；细菌与抗生素接触后产生一种新的靶蛋白，原敏感菌没有的靶蛋白取代靶蛋白的功能，使抗菌药物不能与新的靶蛋白结合；靶蛋白数量增加，药物存在时仍有足够量的靶蛋白可以维持细胞的形态和功能，使细胞正常生长。
3、改变细胞外膜通透性，使药物进入菌体减少。
4、影响主动流出系统，细菌能通过主动流出系统将进入菌体的药物排出体外，产生多重耐药。