有机肥富含新鲜的有机物质和大量的纤维素和木质素，增加土壤活性腐殖质含量，可补给和更新土壤有机质；有机肥经微生物分解后增加有机胶体数量，有利于提高水稳性团聚体数量，改善土壤结构，增加土壤保肥性；有机肥是植物营养的重要来源，氮、磷、钾及微量元素等养分齐全，可全面供给作物所需要的营养；富含有机碳，为微生物提供能量来源，提高土壤生物活性。微生物活动和有机肥释放的有机酸，可增加土壤中难溶性养分的有效性，增加土壤有机胶体，可吸附有害物质，减轻土壤污染。

磷酸盐与可溶性的钙铁铝作用形成一系列的Ca-P、Fe-P和Al-P，使磷的有效性降低。

存在土壤溶液中有效养分的浓度，是根系可以直接吸收利用的养分.