1.适时入窖甘薯要适期收获，一般掌握在当地旬平均气温14-15℃左右，降霜之前为宜，尽量避免薯块受冻，以减少病原菌侵染。
2.旧窖消毒甘薯入窖前，铲去旧窖窖壁的土，上一年发病的旧窖最好进行消毒处理，药剂及方法有：抗菌剂“401”或“402”熏蒸；硫磺在盆内点燃，置于窖内；甲醛喷洒。用药后，封闭两天，打开通气后再使用。
3.精心选薯，细心窖藏入窖时，精心选择健薯，剔除病薯以及虫伤薯、霜冻薯、机伤薯等，以减少病原菌侵染。在收获、运输、贮藏时，轻拿轻放，防止造成伤口。
4.入窖前的处理薯块收获后最好在35-37℃下处理4d，以促进伤口愈合，或用50%多菌灵或70％甲基硫菌灵800-1000倍液浸薯，滴干药液后趁湿入窖。5.加强薯窖管理实行阶段管理：入窖初期的15-20d内，薯块水分大，呼吸作用强，要敞开窖门，散去水分，通风换气，晚上或雨天应关闭窖门，待窖温稳定在10-14℃时，关闭窖门。这一阶段如能将温度控制在14℃以下，就可防止黑斑病引起烂窖。冬季应注意保温，窖温仍应保持在10-14℃之间，尤以11-13℃为好，最低不能低于9℃，为此应封严窖口，必要时在薯堆上加盖麦秸等。春季气温回升后，应随气温变化，开门降温通风，闭门保温保湿。