例如蓝藻门的螺旋藻。螺旋藻营养丰富，蛋白质含量高，含有丰富的胡萝卜素和维生素，可使用，也可作为保健药品，用以提高人体免疫力，抗疲劳和抗辐射等，在治疗高血糖、癌症等方面也有一定的功效，此外螺旋藻中的藻蓝蛋白提取物可用来做生物学研究和治病治疗中的标记物或染料，螺旋藻中多糖、SOD等抗衰老成分科用于开发化妆品。螺旋藻的优点在于其各种物质的含量丰富，且养殖容易，缺点是在养殖中易于小球藻混杂，纯度不高，同时小球藻毒素可能造成人体中毒。
蓝藻门的发菜、葛仙米、地木耳等作为菜肴已被广泛接受，此外，蓝藻在种植肥料和鱼类饵料中也有广泛应用，在生物固氮中也发挥着重要作用。