农村生态环境保护是环境保护工作的重要组成部分，是改善区域环境质量的重要措施。随着重点流域和区域污染防治与生态保护工作的不断深入，农村生态环境保护的任务越来越重。当前农村生态环境保护的主要任务是，防治农业生产和农村生活污染，综合整治乡镇环境，促进自然资源的合理开发利用，维护农村重要自然生态系统的良性循环，提高城乡居民的生活环境质量，确保农村经济社会的健康、持续发展。
各级环境保护部门要加大农村生态环境保护的工作力度，加强法规建设，建立与国家社会经济发展相适应的农村生态环境保护监督管理机制，重点流域和重点地区的面源污染和生态破坏得到控制，部分农村地区的生态环境得不到明显改善，生态经济的发展能力有较大幅度提高，使全国一定数量的县（市）建成国家生态示范区，初步实现社会经济与生态环境的协调发展。
国家东部和中部地区要加大农村特别是城镇、村庄环境综合整治的力度，加强重点流域和区域污染物排放总量、面源污染和生态破坏的控制，努力做到生态环境质量与人民生活水平相适应，并通过生态示范区的建设，探索区域社会经济可持续发展的有效途径，西部地区要以西部开发的生态环境保护为重点，做好特殊生态功能区和资源开发区生态环境的保护和监管，积极开展生态保护工作，为国家西部发展战略奠定基础。