按其组成和结构不同可分三大类
1、非细胞型微生物：最小的微生物，有单一核酸和蛋白质外壳组合，无典型细胞结构，缺乏产生能量的酶系统，严格活细胞内寄生。
2、原核但细胞细胞型微生物：具有细胞的基本结构，但细胞的分化程度较低，仅有原始核质，无核膜、核仁，胞质内细胞器不完善，只有核糖体。
3、真核细胞型微生物：大多由多细胞组成，具有完整的细胞结构，细胞核的分化程度高，有核膜和核仁，胞质内细胞器完善。