学校心理健康教育机构的运行包括以下方面：
（1）提供心理健康教育课程与培训
心理健康教育机构可以面向全体学生开设心理健康教育必（选）修课，也可以开设面向辅导员、教师、员工、家长的培训。这可以达到心理健康教育的普及要求。
（2）提供个体咨询与团体咨询
个体咨询的途径可以包括书信咨询、电话咨询、网络咨询等。在高校要尽可能多地开展各种主题的团体辅导，以更大地发挥心理咨询的效果。
（3）提供心理测量与心理评估
①面向全体学生的心理健康普测可以筛查出有严重心理问题的学生进行干预，要做好量表的选择和测量记录的归档和使用工作。
②可以向学生提供有关个性、职业发展的心理测量服务，发挥心理学帮助学生认识自我、发展人生的作用。
（4）提供心理调适服务
可以开展面向全体学生的心理调适服务，如通过宣泄、影视、音乐、绘画、舞蹈和体育放松，通过有关仪器获得自我调节的能力。
（5）提供心理阅览服务
①可以面向学生开展心理阅览服务，通过提供适合学生阅读的期刊和书籍，来提高学生的心理素质和健康水平。
②可以开展各种面向不同群体的讲座，宣传心理健康意识，传授心理健康技能。