人感染旋毛虫主要是由于人食入了含有活的囊包幼虫的肉类及其制品而感染。旋毛虫的主要致病虫期是幼虫，致病过程可分为三期：
(1)侵入期(肠型期)：人食入含有活的囊包幼虫后，在小肠内脱囊直至发育为成虫。脱囊幼虫和成虫侵入肠粘膜，尤其是成虫以肠绒毛为食，幼虫对肠壁组织频繁入侵，引起肠道广泛炎症。受累局部出现充血、水肿、出血以及形成浅表溃疡。患者可出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠症状。
(2)幼虫移行期(肌型期)：为新生蚴经血流侵入肌组织引起血管炎和肌炎的过程。幼虫移行时受累的肌组织发生退行性变，肌间质呈现轻度水肿及不同程度的炎症细胞浸润，引起急性全身性血管炎、发热和血中嗜酸性粒细胞增多等；患者可出现发热，水肿、伞身性肌肉疼痛，尤以腓肠肌为甚。水肿可遍及全身各器官，如肺出血、水肿、胸腔及心包积液、心肌炎等；若累及中枢神经系统，患者可出现多种神经及精神症状，可致非化脓性脑膜脑炎和颅内压增高等症状。患者可因心力衰竭、毒血症、呼吸道并发症等而死亡。
(3)囊包形成期(恢复期)：为受损肌细胞修复过程。肌内幼虫长大卷曲，肌细胞膨大，形成梭形肌腔包绕幼虫.随着囊包的形成，急性炎症消退，囊包内幼虫最终被钙化。患者全身症状减轻，但肌痛仍可持续数月之久。

在宿主细胞膜内包绕着数个至数十个弓形虫速殖子群落集合体期，因没有真正囊壁称为假包囊。

如弓形虫、隐孢子虫、耶氏肺孢子虫等，在宿主体内通常处于隐性感染状态，但当宿主免疫功能受累时，可出现异常增殖且致病力增强。