山茱萸种皮坚硬，内含透明的黏液树脂，影响种子萌发，且存在后熟现象。因此，育苗前必须进行处理，否则需经2～3a才能萌发。种子处理如下：
浸沤法：用50℃左右温水浸泡种子2d后，挖坑闷沤。沤坑选向阳潮湿处，挖好后将砂、粪混合均匀铺坑底约5cm厚，再放3cm厚的种子，如此铺5～6层即可，最后盖土粪约7cm厚，呈馒头状。4个月后开始检查，如发现粪有白毛、发热、种子破头应立即晾坑或提前育苗，防止芽大无法播种。若没有破头，则继续沤制。
腐蚀法：每1kg种子用漂白粉15g，放入清水内拌匀，溶化后放入种子。根据种子多少加水，水高出种子12cm左右，每日用棍搅拌4～5次，让其腐蚀掉外壳的油质，使外壳腐烂，浸泡至第3d，捞出种子拌入草木灰，即可育苗或直播。
砂贮催芽覆膜法：脱肉的种子用清水浸泡后，再用洗衣粉或碱液反复揉搓种子，并用清水冲洗至种子表皮发白，晾干。种子与砂分层交替贮藏催芽，第二年春播后覆盖薄膜育苗。