系统级控制是在正常运行模式下由信号系统直接对屏蔽门进行控制的方式。在系统级控制方式下，列车到站并停在允许的误差范围内时，列车信号系统向屏蔽门发送列车占用轨道信号后，并发出开/关门命令，控制命令经信号系统发送至屏蔽门中央接口盘，中央接口盘通过门控单元对滑动门开/关进行实时控制，实现屏蔽门的系统级控制操作。
（1）开门操作
在列车占用站台轨道后发出轨道占用信号，且信号系统确认列车停在允许范围内时，信号系统向屏蔽门控制系统发出开门命令到中央接口盘。中央接口盘通过硬线安全回路向门控单元发送开门的命令，门开启时门状态指示灯点亮，中央接口盘面板、就地控制盘及紧急控制盘上所有滑动门/应急门关闭且锁紧状态指示灯熄灭。
（2）关门操作
列车即将离站时，信号系统发出关门命令到中央接口盘，中央接口盘通过硬线的安全回路门控单元发送关门命令，整列滑动门的门控单元执行关门命令，关门过程中顶箱指示灯点亮，门关闭并锁紧后顶箱上指示灯熄灭，同时，中央接口盘面板、就地控制盘及紧急控制盘上的所有滑动门/应急门关闭且锁紧状态指示灯应点亮。中央接口盘向信号系统反馈所有门关闭且锁紧信号，信号系统接收到该信号后，列车离站。