叶氏十分重视奇经辨证，在自己实践的基础上，颇有创见地发展了奇经八脉的辨证论治法则。在生理上，他认为奇经有收摄精气，调节正经气血以及维续、护卫、包举形体的作用；在病理上，凡肝肾脾胃之病，久虚不复，必延及奇经；在辨证上，奇经之病须分虚实；治疗上，常兼“通”、“补”。
叶氏指出，奇经用药，与肝肾关系最为密切，他认为：“医当分经别络，肝肾之病，必留连及奇经八脉，不知此旨，宜乎无功”。因而奇经为病，多与肝肾久损有关，而见有奇经八脉失司不固的病证，叶氏强调以调补肝肾为总的治法，但其用药又有特点。正如叶氏所说：“夫精血皆有形，以草木无情之物为补益，声气必不相应。桂附刚愎，气质雄烈，精血主藏，脏体属阴，刚则愈劫脂矣。至于丹溪虎潜法，潜阳坚阴，用知柏苦寒沉着，未通奇经。余以柔济阳药，通奇经不滞，且血肉有情，栽培身内之精血，但王道无近功，多用自有益”。所以叶氏填补奇经，多选择血肉有情之品，如鹿茸、鹿角胶、紫河车、龟板、鳖甲、淡菜等。