吴有性认为温疫的侵人途径和部位与一般外感不同，他指出，邪自口鼻而人，则其所客，内不在脏腑，外不在经络，舍于伏脊之内，去表不远，附近于胃，乃表里之分界，是半表半里，即《针经》所谓横连膜原。邪气在经络则为在表，邪气人胃即为在里，温疫的病邪自口鼻而人后，并不同于一般外邪先表后里的传变形式，吴氏提出了“邪伏膜原”的理论，他认为，温疫之邪，伏于膜原，如兽藏穴，营卫所不关，药石所不及。至其发，邪毒渐张，内侵于腑，外溢于经，营卫所伤，诸证渐显，然后可得而
治之。须俟邪毒或出表，或入里，然后随证治之，引导邪气外泄。

吴有性提出的三消论，是邪从膜原外溃，则见三阳经证，运用三消饮，消内、消外、消不内不外也，一使邪气溃散，二使表里分消。