景岳在前人论述基础上，把阴阳、精气与命门理论紧密地有机联系，使命门学说有了更大发展。主要包括命门的位置、属性、功能以及它与脏腑之间的关系等重要内容。景岳认为命门位置“居两肾之中而不偏于右”，为先、后天“立命之门户。”提出命门与肾本同一气，命门总主乎两肾，而两肾皆属于命门。以真阴为人体生命最基础的物质，命门为“真阴之脏”，它具有藏精化气的作用，故景岳称“命门者，为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦”，又称为“精血之海”、“元气之根”。由于命门为真阴之脏，人体精血形质都属真阴之象，他认为命门中之元精、元气，是滋养形体和调营卫，维持脏腑生理功能的动力和源泉，而十二脏的功能活动都是真阴之用的体现。命门水火为脏腑之化源，故命门元阴、元阳亏损是脏腑阴阳病变的根本。对命门水火不足的调治，景岳根据肾与命门本同一气的原理，通过治肾的途径以治命门水火的不足。

阴为精，阴成形，此精此形，即是真阴之象。