在治疗方面，王氏强调阴证治疗应从治本人手，若“治标不治本，则标本俱失”，而“治本不治标，则标本俱得”。因此，治本是阴证治疗的关键。在具体治则上，他认为“伤寒大汗之后尚有真武汤之温，矧阴证当可不温补哉？”所以，温补的治疗原则贯穿于阴证治疗的始终。
其治疗阴证主要根据阴证证型的不同，采用不同的调理方法。如外感寒湿雾露之邪，症见发热、汗出、腰背强硬、头项不舒、四肢沉困、饮食减少，或食已脘闷、脉浮紧或缓者，自制神术汤、神术加篙本汤、神术加木香汤或白术汤以健脾燥湿，调中解表；若内伤生冷，过服凉药，导致中焦阴寒内盛，症见心下满闷，腹中疼痛，自利不渴，倦卧欲寐等内阴证；或阴寒内盛，逼阳外走，症见自汗，面赤目红，头面壮热，自利不渴等“内阴外阳”证，则强调以“调中”为主。认为“身冷脉沉，服调中药，阴自内之外，身体温和而愈”或使“阳从内生，唤人外热”。自制黄芪汤、调中丸等代表方剂。若病人少阴、厥阴，则在调中药内加用附子；若病情重者，则选用四逆、真武、通脉四逆等方治疗。