感染性疾病原则上不使用糖皮质激素治疗。糖皮质激素的使用可降低机体免疫功能，感染加重、扩散甚至危及生命，但在某些情况下，如严重感染导致休克、呼吸衰竭及严重炎症反应综合征等，可以适当应用糖皮质激素辅助治疗。某些细菌感染性疾病如中毒性细菌性痢疾、暴发型流行性脑脊髓膜炎、重型肺炎等，在有效抗感染基础上可加用糖皮质激素辅助治疗；病毒性疾病如急性肝衰竭、严重急性呼吸综合征（SARS）、重症流行性感冒肺炎呼吸衰竭等，也可用糖皮质激素辅助治疗。所有感染性疾病使用糖皮质激素皆应慎重并严格掌握适应证。

紧急情况下临床医师可以越级使用高于权限的抗菌药物，但仅限于1天用量。