农民用水户协会组建一般按以下程序进行：
①在计划组建用水户协会区域内，成立一个由地方政府、村民委员会、水管单位和农民代表组成的筹备小组，对农民进行宣传和用水户协会知识培训；
②确定协会的灌溉边界，划分用水小组，选举用水户代表，推选协会执委会候选人，并对执委会候选人和用水户代表进行培训；
③对协会内农户情况进行调查和登记；
④召开用水户代表大会，选举协会执委会成员，制定协会章程和各种管理制度，成立用水户协会，
⑤在当地民政部门注册登记。