溶酶体水解酶M6P分选途径是溶酶体酶在高尔基复合体中被准确分拣的分子机制，具体步骤如下：
（1）溶酶体酶在糙面内质网上合成并经过糖基化修饰以后，被转移至高尔基复合体。溶酶体酶分子上具有信号斑，高尔基复合体顺面膜囊中的磷酸转移酶识别信号斑，对寡糖链上的甘露糖残基进行磷酸化修饰形成M6P。
（2）在高尔基复合体的反面膜囊和管网膜上存在有M6P的受体，对M6P具有高度特异性，靠M6P受体与M6P的特异性结合即可将溶酶体酶从其他蛋白质中分拣出来，进行浓缩，最后以出芽的方式被包装成包被膜泡，直接转运到溶酶体中。
（3）在溶酶体的酸性环境下，M6P的受体便与M6P分离后，又重新返回到高尔基复合体反面，再去参与其他溶酶体酶的分拣及溶酶体的形成。