根据分离原理不用，可分为：
吸附层析、分配层析、凝胶过滤层析、离子交换层析、亲和层析等。
吸附层析：是以吸附剂为固定相，根据待分离物质与吸附剂之间吸附力不同而达到分离的层析技术。
分配层析：是根据物质在两互不相溶的溶剂系统中，分配系数不同而达到分离的一种层析技术。
凝胶过滤层析：是以具有网状结构的凝胶颗粒作为固定相，根据物质在凝胶颗粒的微孔中扩散的速度进行分离，大分子移动的速度快，先被洗脱出来而小分子物质移动的速度慢，后被洗脱出来。
离子交换层析：是以离子交换剂为固定相，是基于离子交换树脂上可电离的离子与流动相中具有不同的静电力而将它们分离。
亲和层析：是根据生物大分子和配体之间的特异性亲和力（如酶与抑制剂、抗体和抗原、激素和受体等），将某种配体连接在载体中作为固定相。固定相的配基与生物分子间的特殊生物亲和能力不同进行相互分离的技术。