超文本和超媒体系统中的数据库层是模型中的最低层，比普通的数据库管理系统更为简单，用于处理所有信息存储中的传输问题。如存储分配管理、缓冲区调度、存储控制等等，其基本功能是对节点和链等的基本信息进行存储、管理和访问，并保证这些操作对于高层的超文本抽象机层来说是透明的，即无论高层访问的信息是存储在本地或远地，是存储在一台计算机中还是存储中多台计算机中，数据库层都能保证正确的存储。
超文本和超媒体系统中的数据库由于具有多媒体数据所以信息量很大，因此用到大容量的存储技术，如大容量的磁盘、光盘等。而传统的数据库信息量没有那么大，而且信息量比较单一，一般都是文档或数据等。但是在超文本和超媒体的数据库层的设计中也用到了大量的传统数据库的思想方法。