（1）按相应部位取穴。当机体患病时，在耳郭的相应部位上有一定的敏感点，它便是本病的道选穴位，如胃痛取“胃”穴等。
（2）按经络辨证取穴。即根据十二经脉循行和其病候选取穴位。如坐骨神经痛，取“膀胱”或“胰胆”穴；牙痛取“大肠”穴等。
（3）按现代医学理论取穴。耳穴中有些穴名是根据现代医学理论命名的，如“交感”、“肾上腺”、“内分泌”等。这些穴位的功能基本上与现代医学理论一致，故在选穴时应考虑其功能，如炎性疾病取“肾上腺”穴。
（4）按临床经验取穴。临床实践发现有些耳穴具有治疗本部位以外疾病的作用，如“外生殖器”穴可以治疗腰腿痛。