财务管理信息系统上线初期，考虑全省农村信用社实际情况，实际业务中审批流程可采用手工+电子流程结合的方式。各联社有关领导未进入系统进行审批操作，可设代理人也可不设代理人，若设代理人，则由代理人负责根据领导的手工签批件在报账中心中代为审批。若不设代理人，则由总账系统的记账柜员或审核柜员负责根据领导的手工签批件把关。
关于审批流管理，省联社只明确最简化的审批流要求，具体审批流程由各联社根据各自费用管理办法及实际情况自行设定。最简化审批流程要求如下：
付款结算单、事项审批单审批流程至少应有两个人参与。其中网点：开始——部门报账——部门审批——虚活动——结束；联社本部最
简化审批流程为：开始——机构报账——机构财务审核（或财务主管审核）——虚活动——结束。
收款单的审批流程可只设一个人。其中，网点：开始——部门报账—20—结束；联社本部：开始——机构报账——结束。

报账中心所有单据均以“单据编码＋年月＋流水号”的规则进行编号，流水号按月归零重新开始。

当固定资产模块已结账，次月发现错账时，只能进行资产变动处理。