临床调查表明，在使用飘浮导管监测时可发生许多并发症，现在将其归为三类：穿刺并发症、置管并发症和使用中的并发症。
（1）穿刺并发症：使用飘浮导管监测时，穿刺并发症与中心静脉压监测相似。
（2）置管和拔管并发症：在置管和拔管过程中，飘浮导管要通过右心房、三尖瓣、右心室、肺动脉瓣和肺动脉，在其行进过程中可损伤上述结构，导致心律失常、传导阻滞，瓣膜、心肌和肺动脉穿孔，甚至使导管在心腔内打结。而上述并发症是难以预计和避免的，临床应用中应高度警惕。
（3）飘浮导管使用中的并发症：在使用过程中最严重的并发症是肺动脉破裂和出血，这一般是由于导管插入过深和气囊过度充气所造成的。临床应在压力波形监测下指导充气，且充气持续时间一般不应长于30秒，在心功能不全和肺动脉高压的病人应尽量缩短充气时间。另外，导管壁血栓形成、肺栓塞、感染、心内膜炎可见于长期留置导管的病人。
由于飘浮导管在使用上的局限性和并发症发生率高，其临床使用价值越来越小，而逐渐被TEE 等其他技术所取代。