系统设计的优劣直接影响到目标系统的质量和经济效益，为了使所设计的目标系统成为一个满足用户需要的，具有较强生命力的系统，在系统设计时必须遵循下列基本原则：
（1）简单性，在达到预定的目标，具备所需要的功能的前提下，系统应当尽量简单。这样可减少处理费用，提高系统效益，同时也便于管理；
（2）可变性是现代企业的特点之一，就是其对外界环境的变化有很强的适应能力。作为企业的管理信息系统也必须具有相当的可变性和灵活性，以便适应环境的不数变化。系统的可变性是指允许系统被修改和维护的难易程度。由于系统环境的不断变化，系统本身也需不断修改和改善。一个可变性好的系统，各个部分独立性强，容易进行变动，从而提高系统的性能，不断满足对系统目标的变化要求。此外，如果一个信息系统容易被修改以适应其它类似组织的需要，无疑地，这将比从新开发一个新系统成本要低得多。
（3）一致性和完整性，一致性有利于子系统之间、多系统之间的联系与合作。因此，系统当中信息编码、采集、信息通信要具有一致性，设计规范应标准；
（4）可靠性，只有可靠的系统，才能保证系统的质量并得到用户的信任。因此，系统必须是可靠的，否则就是没有价值的；
（5）经济性，系统应给用户带来相应的经济效益。系统的投资和经营费用应当得到补偿，但这种补偿有时是间接的或不能定量计算的，也就是说MIS的效益有很大一部分是不能用货币来衡量的。