1、多为单细胞运动个体，有2条鞭毛，顶生或侧生。少数形成不定形群体。
2、细胞有背（隆）腹（平）之分，前端钝圆或斜截形。
3、大部分种类细胞不具纤维素细胞壁，细胞外有一层周质体，柔软或坚固。
4、除叶绿素a、c外，β-胡萝卜素，还具藻胆素；色素体1-2个，叶状；贮藏物质为淀粉和油滴。
5、繁殖：游动的种类主要为纵分裂，群体或不具鞭毛种类产生游动孢子。

真分枝是细胞在纵轴方向分裂形成的。

通过藻丝穿出胶鞘后再延伸生长。

是一些蓝藻细胞内特有的气泡；位于色素区，镜下看呈黑色或紫色无规则的小颗粒，福尔马林固定后呈灰白色。

一些丝状体蓝藻在繁殖时，藻体断开形成若干短的藻丝分段，称为藻殖段。

繁殖方式主要为营养繁殖和孢子繁殖，未发现有性繁殖，可产生的孢子有：内生孢子、外生孢子、厚壁孢子。