制度经济学对传统经济学的方法论持否定态度，在此基础上提出自己的研究方法：
（1）不满意传统经济学孤立的经济人假说，认为在经济活动中，个人、家庭和企业都不是最主要的决策单位，决定经济成果的关键是形成相互冲突关系的人群或阶级所产生的集体力量。
（2）反对传统经济学的数量分析方法，认为对人的经济行为，不能通过概括人的普遍性倾向并在形式上用最优模式来进行分析，而必须研究具体的社会经济制度对人的行动的影响。
（3）反对传统经济学的静态均衡分析方法，认为应该在社会──经济的相互冲突中考察经济的不断变化，并用动态的不均衡模式来探索经济过程发展的特点。
（4）不满意于传统经济学关于“狭义经济学”的假设，注重于经济以外的各种因素对经济行为的影响，要求经济学与其他社会科学相融。
这样，制度学派主张用“制度趋势”方法研究经济学。此研究方法的特点如下：首先，把社会经济看成是不断发展的过程，强调经济的发展和变化。其次，制度经济学接受以本能代替理智来解释人类一切经济生活的行为主义心理学，强调经济制度是人类利用天然环境以满足自己物质需要所形成的“社会习惯”，而一切“社会习惯”又源于人类的本能。最后，制度经济学用社会达尔文主义的进化论解释制度的演变和发展。