明、清时期内科学主要是围绕医学理论与古代医家学说及其医疗经验，所出现的不同学术流派的论争而发展的。薛已（1488～1558年），著《内科摘要》，是我国医学史上第一本以内科命名的医籍。其学术思想主要受张元素、李杲脾胃论的影响，注重脾胃虚损证，又受王冰、钱乙的影响，重视肾中水火与脾胃的关系，因而脾肾并举，注重温补。张介宾（约1563～1640年），其医学主张，主要是反对刘完素和朱震亨以寒凉药攻伐肾阳，认为真阳、真火是生命之大宝。李中梓（1588～1655年），在李杲、薛已、张介宾诸家的影响下，重视脾肾互济同治的学术主张。赵献可发挥命门之说，认为命门是人身之主和至宝，强调“命门之火”的重要。清代，徐大椿、陈修园对温补派医学主张提出了反对观点。
明、清时期内科学方面的发展还表现在不少医家能兼取历代医家之长，吸取家传经验，结合自己临证实践，完善对疾病的认识，著成综合性医著。主要有：《医学正传》、《明医杂著》、《杂病证治准绳》、《寿世保元》、《症因脉治》《证治汇补》。
这一时期内科学发展的另一特点，是有关虚劳证治的专书大量出现，主要有：《红炉点雪》（1630年），撰著者龚居中，龚氏认为虚损痨瘵最主要的致病因素是痰火。《慎柔五书》（1636年），撰著者胡慎柔（1572～1636年），书中分虚劳为虚损和痨瘵两类。《理虚元鉴》（约1644年），撰著者汪绮石，该书对虚劳论治，提出治虚劳的“三本二统论”。
此外，专论内科杂病比较著名的专书还有尤怡的《金匮翼》（1768年），林佩琴的《类证治裁》（1839年），论述内科杂病、妇科、外科等病证的证治。熊笏的《中风论》，介绍养阴清热治疗中风的经验。喻昌（嘉言）在《医门法律》（1658年）中，叙述了腹水症状及其病因。王清任的《医林改错》（1830年），在内科方面对疾病的治疗，强调了补气活血与活血逐瘀两个原则。他所创立的活血逐瘀方剂至今仍被广泛应用。