明清有关《伤寒论》研究空前活跃，不仅著述增加到100余种，学派纷呈，争鸣激烈，而且研究的内容也扩展到原文编次、以方类证、分经审证、按法类证等一些关键问题上。主要存在三种学说：以方有执、喻昌为代表的错简重订说；以张遂辰、张志聪为代表的反对“错简”说；以柯琴、徐大椿为代表的以方类证。
除以上三类外，陈修园将六经之病，分为经证、府证、变证三类。钱潢和尤怡持按法类证，列正治、权变、救逆……诸法。其他诸家或偏于注，或偏于临床治疗阐述发挥，或偏于普及启蒙，掀起了明清《伤寒论》研究诸家蜂起。