王好古与李东垣都研究脾胃虚损病变，这是共同之处，不同在于：李东垣偏重于内伤（饮食失节、劳役过度、七情所伤）引起的气虚发热证，又称内伤热中证；而王好古则重于外感（寒邪）及内伤（内饮生冷、误服凉药、本气自虚）导致的阳虚阴寒证，故治疗亦各不相同，前者重在甘温除热、益气升阳泻火，而后者重在温中散寒、补益脾胃。此外，王氏尚研究肝肾虚寒证，其中尤偏重于肾，这从其对三阴证发病的认识及选药用方上可反映出来。