1.检测灵敏度低
2.对基因组DNA的要求高，陈旧腐败的检测DNA难以检测
3.DNA纹印检测操作繁琐费时，周期较长，试验环节要求严格，技术不易掌握
4.多基因座探针种属特异性差，易导致误判
5.DNA指纹没有基因座的特异性，不能解决混合检材的鉴定问题
6.DNA指纹图谱的高突变率会影响亲子鉴定的结果
7.DNA指纹图谱的统计学方法至今仍存在争议
8.DNA指纹分析结果的表示目前无法达到标准化

1.男女混合斑检验
2.不同男性个体混合物（斑）分析
3.父子关系鉴定

自动化程度高、快速、灵敏、准确、稳定、重复性好。

①高灵敏度；
②高鉴别能力；
③标准化分型。