（1）水平井的轨迹控制要求高，难度大。要求高，是指轨迹控制的目标区要求高。水平井的目标区是一个扁平的立方体，不仅要求井眼准确进入窗口，而且要求井眼的方位与靶区轴线一致，俗称“矢量中靶”。难度大，是指在轨迹控制过程中存在“两个不确定性因素”。一是目标垂深的不确定性；二是造斜工具的造斜率的不确定性。这两个不确性的存在，对直井和普通定向井来说，不会有很大的影响，但对水平井来说，则可能导致脱靶。
（2）管柱受力复杂。由于井眼的井斜角大，井眼曲率大，管柱在井内运动将受到巨大的摩阻，致使起下钻困难，下套管困难，给钻头加压困难；在大斜度和水平井段需要使用“倒装钻具”，下部的钻杆将受轴向压力，压力过大将出现失稳弯曲，弯曲之后摩阻更大；摩阻力、摩扭矩和弯曲应力将显著增大，使钻柱的受力分析、强度设计和强度校核比直井和普通定向井更为复杂；由于弯曲应力很大，在钻柱旋转条件下应力交变，将加剧钻柱的疲劳破坏。
（3）钻井液密度选择范围变小，容易出现井漏和井塌。地层的破裂压力和坍塌压力随井斜角和井斜方位角而变化；在水平井段，地层破裂压力不变，而随着水平井段的增长，井内钻井液液柱的激动压力和抽吸压力将增大，也将导致井漏和井塌。
（4）岩屑携带困难。由于井眼倾斜，岩屑在上返过程中将沉向井壁的下侧，堆积起来，形成“岩屑床”。特别是在井斜角45°～60°的井段，已形成的“岩屑床”会沿井壁下侧向下滑，形成严重的堆积，从而堵塞井眼。
（5）井下缆线作业困难。在大斜度和水平井段，测井仪器不可能依靠自重滑到井底。
（6）保证固井质量的难度大。一方面由于大斜度和水平井段的套管在自重下贴在下井壁，居中困难；另一方面钻井液在凝固过程中析出的自由水将集中在井眼上侧，从而形成一条沿井眼上侧的“水槽”，大大影响固井质量。
（7）完井方法选择和完井工艺难度大。水平井井眼曲率较大时，套管将难以下入，无法使用射孔完井法，将不得不采用裸眼完井或筛管完井法等。这将使完井方法不能很好地与地层特性相适应，将给采油工艺带来难度。

设计结果包括：井斜角/°、垂增/m、垂深/m、平增/m、平移/m、段长/m和井深/m。

（1）地层的倾斜和非均质性；
（2）下部钻柱的弯曲；
（3）技术措施不合理，操作不当，设备安装质量不好。