大致经过以下四个阶段：
（1）交易前的准备阶段
物流企业（包括第三方物流，不同运输方式的承运人以及它们的代理）根据自己的情况制定不同的促销方案并在网上发布广告（包括揽货、储存、运输、报船、租船等等方面消息）以寻找商机，物色交易伙伴。
（2）交易谈判和签订合同阶段
交易双方充分利用现代电子通信设备和通信方法将交易条件、双方的权利和义务（包括商品的种类、数量、价格、交货卸货地点、交货期限和运输方式等）、违约和索赔等等条款，全部用电子交易合同的形式予以确定，并可利用EDI形式签约，数字签名方式签名。
（3）办理交易前的各种手续阶段
交易双方对交易中可能涉及到的中介机构、银行金融机构、信用卡公司、保险公司、运输公司、海关系统、商检系统、税务系统等部门应发送各种电子票据和电子单证进行数据交换，以完成按合同规定的一切手续。
（4）交易合同履行和索赔
交易双方可通过电子商务服务器跟踪货物情况。银行和金融机构也按照合同处理双方收付款，出具相应的银行单据，直到最终完成整个交易。如交易双方任何一方出现违约，受损方根据合同及时向违约方提出索赔。