系统启动时，控制反应器内的尿素溶液吸收热量的速度，使反应器内达到一定压力值后控制阀开启，输送至电厂提供的外热式管路系统，最终喷射入烟气中参与反应。NH₃的给料管路维持在170°C.以上。启动过程中通过调节吸收蒸汽热量，控制水解反应器内气体压力，达到一个稳定的运行压力。
系统停止操作时，提前关闭反应器内热交换器的蒸汽供应阀，停止反应器内尿素的供给。吸热水解反应在消耗系统内的潜热后反应速度降低，在正常关机后，反应器出口气体在关机操作的同时还可以进入SCR装置进行反应。系统关闭后需进行蒸汽或压缩空气喷吹清洗流程，对水解反应器内一部分溶液中的污染物进行清除。