出血性肠炎的典型临床症状是突发性腹痛、血性粪便、低烧或不发烧。这3个症状可以说是出血性肠炎与其他腹泻病相区别的3大特征。其中腹痛可以是痉挛性的剧烈疼痛，有时和阑尾炎的疼痛差不多。实际上，在日本曾经有过出血性肠炎的患者被诊断为阑尾炎的。典型的粪便标本中血很多，粪很少，可以是鲜血。有的患者可以不表现典型的症状；有的患者只有水样便；有的患者可能发烧。但是总体来讲发烧的比例很低，大约10％左右。