感染伤寒以后一般可以获得较为巩固的免疫力，再次患病的少见。但是如果在病人热退以后停用抗生素，2周左右病人再次出现临床症状的叫复发。主要原因是个体的体液免疫或细胞免疫的吞噬功能降低，导致伤寒杆菌再度繁殖引起。与治疗不彻底有关。另外也有部分患者在进入恢复期前，体温尚未降至正常而又再次升高，临床称其为“再燃”。与菌血症尚未被完全控制有关。

伤寒病人病愈后继续排菌超过3个月以上的称慢性带菌者。

细菌性痢疾感染后治疗不彻底易形成慢性菌痢。慢性菌痢极易发作。