避孕套除了有很好的避孕作用外，还起到男女生殖器官的部分隔离作用，从而可以在一定程度上阻隔微生物，预防多种疾病的传播。
预防子宫颈癌：避孕套可以阻止精液和包皮垢进入阴道，故对子宫颈癌有一定的预防作用。
预防性传播疾病：一般乳胶避孕套能够部分隔离性传播疾病的一些病原体，如单纯疱疹病毒、沙眼衣原体、巨细胞病毒、淋病球菌、梅毒螺旋体和艾滋病病毒等。
预防阴道炎、宫颈炎和盆腔炎：使用避孕套可以阻止男方生殖器上的病菌传染给女方，故有预防这些疾病的作用。反之，女方患有阴道炎时，避孕套也可阻止病菌传染给男方。
预防精液过敏症：使用避孕套，不让妻子接触丈夫的精液，这样就不会发生精液过敏反应。
辅助治疗某些免疫性不孕：有些不孕的妇女体内存在抗精子抗体。性交后精子进入宫颈粘液，其中的抗体可使精子凝集或制动，使之不能上行入子宫腔，从而导致不孕。若采用避孕套３～６个月，可暂时断绝与精液的接触，待妇女体内抗精子抗体的滴度下降后，停用避孕套后短期内可望受孕。