《清洁生产促进法》对国务院及其有关职能部门，特别是经济贸易行政主管部门和环境保护行政主管部门在清洁生产促进工作中的职责进行了详细的规范，有关的规定体现在该法的第四、五、七、八、十至十六、二十一、二十七至三十五条中，主要包括以下内容：
国务院应当将清洁生产纳入国民经济和社会发展计划以及环境保护、资源利用、产业发展、区域开发等规划，应当制定有利于实施清洁生产的财政税收政策、产业政策、技术开发和推广政策。
国务院经济贸易行政主管部门负责组织、协调全国的清洁生产促进工作，负责制订强制回收的产品和包装物的目录和具体回收办法。此外，还应当会同其他有关行政主管部门制定清洁生产的推行规划，定期发布清洁生产技术、工艺、设备和产品导向目录，组织编制有关行业或者地区的清洁生产指南和技术手册，制定并发布限期淘汰的生产技术、工艺、设备以及产品的名录，制定清洁生产审核办法等。
国务院环境保护、计划、科学技术、农业、建设、水利和质量技术监督等行政主管部门，按照各自的职责，负责有关的清洁生产促进工作。例如，国务院教育行政主管部门，应当将清洁生产技术和管理课程纳入有关高等教育、职业教育和技术培训体系。