三一生物肥具有一定的专性，主要是指三方面：其一，所使用的菌种对作物有一定的趋向性、适应性：就是有一定的专性；其二，是功能上适应作物的要求，如改善作物营养；改进产品品质，如糖料作物糖分的提高；叶菜类的繁茂生长，油料作物的油脂含量增加等等；其三是降低或减轻作物的特定病害，以使产量提高。
三一生物肥与化学农药的本质区别是，后者往往重在治标，出了问题才被动采取对策，而生物肥则是标本兼治，着重从根本上改善土壤生态环境，调整土壤微生物的种群结构，营造一个不利于发病而利于作物生长的土壤生态环境，寓治于防，达到“以正压邪”的目的，体现了现代植物保护“以营养植物为中心”的原则。